Nejprve lilek nakrájejte na asi centimetrová kolečka, rozložte je na plech vyložený pečicím papírem, pokapejte olivovým olejem a dejte péct do trouby vyhřáté na 180 °C zhruba na 15 minut.
Mezitím si na pánvi rozehřejte olivový olej a přidejte nadrobno nakrájenou cibuli a hlívu ústřičnou. Společně restujte asi 5 minut. Poté směs osolte, opepřete, přidejte tymián a mleté maso. Opékejte dalších 5 minut, dokud se maso nezatáhne. Na závěr přidejte najemno nasekaný česnek, krátce promíchejte a stáhněte z ohně.
Bešamel připravíte tak, že v hrnci rozpustíte máslo a přidáte hladkou mouku. Míchejte, dokud nevznikne světlá jíška, kterou nechte asi minutu a půl mírně opékat. Poté za stálého míchání postupně přilévejte smetanu a následně mléko, až vznikne hladká omáčka. Osolte, opepřete a dochuťte špetkou čerstvě nastrouhaného muškátového oříšku. Hotový bešamel odstavte stranou.
Uvařené brambory oloupejte a nakrájejte na plátky. Zapékací mísu vymažte máslem a dno poklaďte vrstvou brambor. Na ně rozložte upečený lilek, poté masovo-houbovou směs a nakonec vše zalijte bešamelem. Posypte nastrouhaným sýrem a přikryté (poklicí nebo alobalem) dejte péct do trouby vyhřáté na 170 °C na 45 minut. Poté odstraňte poklici, teplotu zvyšte na 190 °C a dopečte dozlatova.
Houbovou musaku ozdobte čerstvou bazalkou a podávejte.